수단 남부의 분리 독립을 묻는 국민투표 결과, 만장일치에 가까운 유권자가 독립에 찬성했다. 이로써 대부분이 그리스도인인 남부 수단은 혜택을 받겠지만, 무슬림이 대다수인 북부 수단에 남겨지는 그리스도인은 어려움을 겪게 됐다. 오마르 하산 알바시르 수단 대통령은 수단이 두 국가로 분리된다면, 수단 북부에서는 샤리아(이슬람 경전인 쿠란과 무함마드의 가르침에 기초한 이슬람 율법)를 엄격하게 시행할 것이라고 말했다.


그러나 북부의 콥트 그리스도인들은 같은 아랍계라는 이유로 남부 수단인보다는 나은 대우를 받았기 때문에 그다지 우려하지 않고 있다. 남부 수단의 독립 투표가 이뤄진 1월 주일에 수도 하르툼의 한 성공회 교회의 성도 수가 4분의 1로 줄었다.

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